Las funciones del rector o rectora de la Universidad de Costa Rica están claramente establecidas en el artículo 40 del Estatuto Orgánico. A continuación se transcriben:
Ejercer la representación judicial y extrajudicial de la Universidad de Costa Rica. La representación podrá ser otorgada también, por resolución del Consejo Universitario, a los abogados de la Oficina Jurídica, con carácter de apoderados generales y especiales.
Concurrir a las sesiones del Consejo Universitario con voz y voto y ejecutar los acuerdos de dicho Consejo, asesorado, cuando lo juzgue necesario, por el Consejo de Rectoría.
Llevar a cabo el control y la evaluación de las actividades de la Universidad de Costa Rica.
Velar por los intereses, armonía y buen desempeño de las diversas dependencias y servicios universitarios.
Presidir las sesiones de las Asambleas de unidades académicas cuando lo considere oportuno.
Firmar conjuntamente con el Decano o el Director de la Sede Regional correspondiente los títulos y grados académicos que expida la Universidad de Costa Rica.
Autorizar la entrega de certificados y diplomas a propuesta de los Consejos Asesores de Facultad.
Canalizar hacia los diversos órganos y autoridades universitarias los asuntos que les competan y servir como medio obligado de comunicación de todos ellos, con el Consejo Universitario.
Dilucidar los conflictos de competencia que puedan surgir entre los diversos órganos universitarios.
Hacer los nombramientos no reservados a la Asamblea, Consejo Universitario, otros cuerpos colegiados o al vicerrector de Docencia.
Nombrar y remover a los vicerrectores, informando de ello al Consejo Universitario.
Aprobar y promulgar los reglamentos que sometan a su consideración las vicerrectorías y que no sean de competencia del Consejo Universitario.
Publicar anualmente un informe sobre la marcha de la Universidad de Costa Rica en el que se indicará, entre otras cosas, cómo se han ejecutado los acuerdos de la Asamblea y del Consejo Universitario.
Presidir la Junta Administradora del Fondo de Ahorro y Préstamo de la Universidad de Costa Rica. Actuar como superior jerárquico administrativo inmediato de la Oficina Jurídica y de la Oficina de Planificación Universitaria y de aquellas otras oficinas administrativas que el Consejo Universitario no adscrita específicamente a una vicerrectoría.
Velar por la recopilación, conservación, actualización y divulgación de la normativa específica, las resoluciones y los documentos, todo producto de su gestión.
Ejercer las otras funciones que le otorga este estatuto y las que sean necesarias para el buen desempeño de su cargo.
Resolver en última instancia sobre las sanciones disciplinarias, nombramientos, remociones, traslados, ascensos, despidos, o cualquier otro asunto de orden laboral relativo a funcionarios de la Universidad.
Decidir sobre las apelaciones relativas a clasificación y valoración establecidas por el Reglamento de Carrera Administrativa.
Firmar, previa consulta a las unidades afectadas, convenios y tratados con instituciones nacionales o extranjeras, cuando estos se ajustan a las normas fijadas por el Consejo Universitario.
Nombrar y remover a los jefes de las oficinas administrativas, excepto al contralor de la Universidad de Costa Rica, e informar de ello al Consejo Universitario.