La Rectoría es la instancia universitaria de mayor jerarquía ejecutiva. Es dirigida por el rector o la rectora, quien ostenta la representación legal de la Universidad de Costa Rica (UCR) y ocupa este cargo por un periodo de cuatro años y podrá ser reelegido una sola vez consecutiva. Al rector lo elige la Asamblea Plebiscitaria.
El rector(a) preside el Consejo de Rectoría, órgano asesor integrado por los vicerrectores(as) de Acción Social, Administración, Docencia, Investigación y Vida Estudiantil. Este Consejo tiene entre sus funciones el seguimiento de los acuerdos de la Asamblea Universitaria y la coordinación de los aspectos propios de cada vicerrectoría. Para ello, sesiona al menos una vez al mes.
La Rectoría cuenta con una Dirección Ejecutiva y con el personal de apoyo en materia administrativa, logística, legal, archivística, comunicacional e informática, entre otras.
Asimismo, operan adscritas a la Rectoría todas las Sedes Universitarias, así como seis oficinas administrativas. También existen varias comisiones y programas creados como parte de este órgano.
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