Las funciones del rector o rectora de la Universidad de Costa Rica están claramente establecidas en el artículo 40 del Estatuto Orgánico. A continuación se transcriben:

• Ejercer la representación judicial y extrajudicial de la Universidad de Costa Rica. La representación podrá ser otorgada también, por resolución del Consejo Universitario, a los abogados de la Oficina Jurídica, con carácter de apoderados generales y especiales.
• Concurrir a las sesiones del Consejo Universitario con voz y voto y ejecutar los acuerdos de dicho Consejo, asesorado, cuando lo juzgue necesario, por el Consejo de Rectoría.
• Llevar a cabo el control y la evaluación de las actividades de la Universidad de Costa Rica.
• Velar por los intereses, armonía y buen desempeño de las diversas   dependencias y servicios universitarios.
• Presidir las sesiones de las Asambleas de unidades académicas cuando lo considere oportuno.
• Firmar conjuntamente con el Decano o el Director de la Sede Regional correspondiente los títulos y grados académicos que expida la Universidad de Costa Rica.
• Autorizar la entrega de certificados y diplomas a propuesta de los Consejos Asesores de Facultad.
• Canalizar hacia los diversos órganos y autoridades universitarias los asuntos que les competan y servir como medio obligado de comunicación de todos ellos, con el Consejo Universitario.
• Dilucidar los conflictos de competencia que puedan surgir entre los diversos órganos universitarios.
• Hacer los nombramientos no reservados a la Asamblea, Consejo Universitario, otros cuerpos colegiados o al vicerrector de Docencia.
• Nombrar y remover a los vicerrectores, informando de ello al Consejo Universitario.
• Aprobar y promulgar los reglamentos que sometan a su consideración las vicerrectorías y que no sean de competencia del Consejo Universitario.
• Publicar anualmente un informe sobre la marcha de la Universidad de Costa Rica en el que se indicará, entre otras cosas, cómo se han ejecutado los acuerdos de la Asamblea y del Consejo Universitario.
• Presidir la Junta Administradora del Fondo de Ahorro y Préstamo de la Universidad de Costa Rica.
• Actuar como superior jerárquico administrativo inmediato de la Oficina Jurídica y de la Oficina de Planificación Universitaria y de aquellas otras oficinas administrativas que el Consejo Universitario no adscrita específicamente a una vicerrectoría.
• Velar por la recopilación, conservación, actualización y divulgación de la normativa específica, las resoluciones y los documentos, todo producto de su gestión.
• Ejercer las otras funciones que le otorga este estatuto y las que sean necesarias para el buen desempeño de su cargo.
• Resolver en última instancia sobre las sanciones disciplinarias, nombramientos, remociones, traslados, ascensos, despidos, o cualquier otro asunto de orden laboral relativo a funcionarios de la Universidad.
• Decidir sobre las apelaciones relativas a clasificación y valoración establecidas por el Reglamento de Carrera Administrativa.
• Firmar, previa consulta a las unidades afectadas, convenios y tratados con instituciones nacionales o extranjeras, cuando estos se ajustan a las normas fijadas por el Consejo Universitario.
• Nombrar y remover a los jefes de las oficinas administrativas, excepto al contralor de la Universidad de Costa Rica, e informar de ello al Consejo Universitario.