Además de las vicerrectorías, existen cuatro tipos de instancias universitarias de carácter permanente o coyuntural, que coordinan con la Rectoría: sedes y recintos universitarios, oficinas administrativas, comisiones y programas. A ellas se debe añadir la Asamblea Colegiada Representativa que es presidida por el rector, pese a no estar adscrita a la Rectoría y los proyectos permanentes.

Como puede apreciarse en este apartado, tales instancias abordan temas de muy diversa índole, pues no solo analizan y resuelven asuntos universitarios, sino también problemas nacionales específicos en su relación con la UCR. Un ejemplo de esto último es la Comisión Institucional Universitaria, cuyos foros se han posicionado como un espacio de reflexión, donde convergen los más importantes líderes e intelectuales nacionales para dialogar sobre temas de interés público.