La Universidad de Costa Rica es creada mediante el decreto de Ley N.° 362, de 1940, en un contexto nacional de profundas transformaciones sociales. Desde sus orígenes es dirigida por la Asamblea Universitaria, el Consejo Universitario y el rector. Un año más tarde, el 7 de marzo de 1941, entra en funciones esta casa de estudios superiores, que en sus inicios contó solo con las facultades ya existentes en el país: Farmacia, Derecho y Agricultura. En esta forma, desde la inauguración, el desarrollo de la Universidad preocupa a los rectores, deseosos de responder a la realidad nacional en la cual les corresponde desarrollar su labor.Durante los años siguientes, los proyectos de la Rectoría se orientaron a labores prioritarias para el crecimiento de la Universidad: ampliar la cantidad de estudiantes mediante matrículas gratuitas a quienes así las necesitaran; crear nuevas facultades, como las de Pedagogía, Ingeniería, Ciencias, Filosofía, Bellas Artes y Letras, y unirlas a las ya existentes, a fin de que compartieran la misión de servir a la comunidad nacional. Desde ese entonces la creación de la Facultad de Humanidades es vista como un imperativo, pues además de responder a la necesidad de enseñar la Filosofía y Letras, se convertiría en la columna vertebral de la Universidad. Otras tareas llevadas a cabo por la Rectoría en esos primeros años fueron la elaboración de los estatutos encargados del orden institucional y la búsqueda de un lugar apto para ubicar el campus universitario, en el cual se aglutinarían las unidades académicas de todas las disciplinas.

Una década después del nacimiento de la Universidad, la creación de nuevas facultades seguía en la agenda de la Rectoría. Escuelas como Medicina, Arquitectura, y Ciencias y Letras eran uno de los requisitos para lograr el mayor desarrollo universitario. El servicio social que acompaña las funciones universitarias hasta la actualidad se fortalece en esa época, encabezado sobre todo por las facultades de Agricultura y Medicina.

Los exámenes de ingreso, meramente experimentales en un principio, fueron perfeccionados posteriormente  y para la Rectoría se consolidaron como una forma de compromiso ante la sociedad. Asimismo, durante esa década, se dio marcha al Departamento de Bienestar y Orientación, creado desde las oficinas del rector para ayudar a los estudiantes en su elección profesional. En el ámbito del estudiantado, la Rectoría apoyó la creación de un gobierno estudiantil que preparara a generaciones aptas para el ejercicio de la democracia. En ese momento, el establecimiento de una planta física deja de ser una preocupación y se convierte en una realidad en proceso, gracias a la creación de la Ciudad Universitaria en San Pedro de Montes de Oca, concebida por el rector Rodrigo Facio Brenes como una pequeña República, debido a las dotes autónomas establecidas para la Universidad en el ordenamiento jurídico costarricense.

Hacia 1960, la Universidad continúa trabajando por el fortalecimiento de los logros alcanzados en años anteriores; desde la Rectoría persiste la idea de una casa de estudios comprometida con el servicio al país. El envío de profesores al extranjero, así como el recibimiento de profesionales foráneos que hicieron pertinentes observaciones sobre el desarrollo de nuestra Universidad, son parte de las preocupaciones del rector. En esa década empieza a gestarse una reforma universitaria ligada por completo a los Estudios Generales, la cual sobrepasa los límites administrativos y docentes en procura de transformaciones pedagógicas, filosóficas, académicas y estructurales, acordes con la mentalidad humanista de estudiantes y profesores. En ese decenio, la Universidad logra graduar con gran orgullo a los primeros estudiantes de Medicina del país y muestra preocupación constante por la apertura y el mejoramiento de las carreras impartidas entonces. En aquel momento, más que en ningún otro, la Rectoría manifiesta énfasis en las funciones que debe cumplir la Universidad de Costa Rica para constituirse en un ente rector de la cultura y la educación costarricenses. Por eso, amplía las oportunidades de formación académica y lleva a sus aulas más estudiantes cada vez , para que analicen, desde ángulos económicos, sociales y políticos, el crecimiento y desarrollo de Costa Rica. A finales de la década de los sesentas llegan también al escritorio del rector iniciativas tendientes a extender la Educación Superior a otras regiones del país, como Liberia y San Ramón, mediante la creación de Centros Universitarios Regionales.

Al transcurrir los años, la Rectoría fortalece la educación con la proyección regional y analiza las nuevas necesidades de de Costa Rica, a las cuales la Universidad debe dar respuesta. La creación de una televisora cultural, para ofrecerle a la comunidad nacional programas educativos, es también parte de los compromisos universitarios con el resto del país. En los albores de 1970, las escuelas de Educación Primaria, dirigidas académicamente por la Universidad de Costa Rica, constituyen un logro que ha acompañado hasta hoy a una gran cantidad de estudiantes. La Rectoría dedicó la primera mitad de esa década a trabajar por la financiación y el presupuesto universitario que garantizarían a la Universidad sostenibilidad en el desempeño de las labores de enseñanza superior, en un país que cada día le demandaba más sus servicios. De igual manera, la Rectoría ve la necesidad de crear y fortalecer las vicerrectorías, para encargarles asuntos como la docencia, la investigación y la acción social. La década termina con una ampliación considerable de la oferta de carreras y grados universitarios, una Universidad cada vez más consolidada y en pleno crecimiento,  con respuestas oportunas al acontecer nacional.

Para 1980, la Universidad de Costa Rica cuenta aproximadamente con 30 mil estudiantes y casi 2 mil profesores de tiempo completo. Además, posee ya 10 recintos en el país, 46 escuelas y 16 centros de investigación. Su trayectoria de 30 años le ha permitido formar a los profesionales del país y es ya una institución líder de la cultura nacional. En ese momento, la Universidad enfrenta un contexto nacional de cambio y crisis, ante el cual debe generar respuestas prontas y certeras a la dinámica realidad del país. La institución afronta, por tanto, su compromiso con la sociedad y la juventud costarricenses y ofrece soluciones científicas y técnicas a los problemas nacionales. Por eso, las preocupaciones de la Rectoría estarán entonces ligadas a las causas internas de la población universitaria y sus funciones incluirán el análisis de los problemas sociales y las luchas presupuestarias, que de nuevo vuelven a tomar un espacio en el escritorio del rector. Finalmente, la Rectoría, con miras a efectuar cambios, revisa los planes de estudio de las diferentes carreras, así como el régimen académico y las evaluaciones del cuerpo docente, entre otros proyectos. Esto hará que la década de los 80 se perciba como el período más dinámico en la historia de la Universidad.

La celebración del cincuentenario de la Universidad también trae novedades al acontecer universitario y renueva las tareas de la Rectoría, pues debe impulsar nuevos cambios para mejorar la capacidad del Alma Máter de dar respuesta efectiva a las necesidades emergentes del país. Así, la Rectoría, con el fin de optimizar la calidad académica, promueve convenios internacionales y programa de postgrados y también trabaja por la descentralización de la Ciudad Universitaria Rodrigo Facio. Esas son las prioridades a partir de su 50 aniversario. No obstante, causas tradicionales de lucha, como el Presupuesto Universitario y la regionalización de la Universidad, también reclaman entonces la atención de la Rectoría: se trata de temas controversiales que suponen una lucha con los Poderes de la República. Fortalecer la investigación, la vida estudiantil y la incorporación de elementos tecnológicos son para el rector las preocupaciones medulares orientadas al desarrollo de la Universidad y todas ellas tendrán un fuerte impacto en la realidad nacional.

Finalmente, la primera década del siglo XXI, además de poner al mando de la Universidad de Costa Rica a la primera rectora, también somete a discusión la necesaria renovación de la infraestructura de esta casa de estudios y la creación de nuevos organismos universitarios, tales como el Museo y el Archivo universitarios, que permitirán a la Universidad cumplir con las necesidades del estudiantado y de la comunidad nacional. Además, asuntos como la negociación del Fondo Especial para el Financiamiento de la Educación Superior Estatal y la consolidación de la autonomía universitaria, ocupan la agenda de la Rectoría desde los inicios del nuevo milenio.

En la actualidad, el rector de la Universidad tiene sobre su escritorio temas pilares como la ampliación y el fortalecimiento de las sedes regionales, las mejoras de la infraestructura universitaria y la creación de nuevas edificaciones, todo ello con el propósito de continuar brindándole a Costa Rica profesionales con excelencia,  plenamente comprometidos con la realidad nacional y el futuro del país.